Die Zystenhülle besteht aus einer fossil erhaltungsfähigen organischen Substanz, vergleichbar dem Sporopollenin. Fossile Dinoflagellaten-Zysten treten in marinen Sedimenten der Erdgeschichte erst ab der Trias auf. Die fossilen Formen mit über 500 Gattungen und 3000 Arten gehören der Klasse der Dinophyceae an. Am häufigsten sind sie in dunklen Ton- und Siltsteinen, aber auch in Kalken und Kalkmergeln anzutreffen. In Rotsedimenten, tektonisch oder metamorph überprägten Sedimenten sind sie nur in seltenen Fällen erhalten.
Dinoflagellaten-Zysten können ihrem Thekenstadium morphologisch gleichen oder davon vollkommen verschieden ausgebildet sein. Die Ausbildung von Fortsätzen, Septen oder Stacheln erlaubt die Unterscheidung von proximaten2.1, choraten2.2 und cavaten2.3 Grundtypen.